Завоевание княжества Самцхе-Саатабаго имело большое значение для Ирана и Турции, так как давало стратегическое преимущество перед противником и облегчало захват всей Грузии. Из Самцхе можно было легко проникнуть в Западную Грузию и в Картли. Потеря княжества Самцхе могла крайне осложнить борьбу других царств и княжеств Грузии за независимость. Поэтому картлий­ские и имеретские цари всецело старались не допустить господства Турции или Ирана в Самцхе.

К сожалению, сами самцхийские атабаги, исходя из своих узких интересов, больше искали защиты от картлийских и имеретских царей, чем от османов и иранцев. Так, например, поступил самцхийский атабаг Мзечабук, когда пропустил османов через территорию своего княжества и открыл им путь к Имерети. После его смерти в 1515 году в Самцхе разгорелась вражда между братом Мзечабука Манучаром и двоюродным братом Мзечабука – Кваркваре, сына Кай­хосро. Манучар придерживался протурецкой ориентации. При поддержке своих сторон­ни­ков ему удалось нанести поражение Квар­кваре, а последний, в свою очередь, обратился за помощью к шаху – Исмаилу и занял Самцхе. Кваркваре атабаг стал вассалом шаха и в 1518 году был среди кызылбашей, вторгшихся в Картли. В 1533 году турецкий султан Сулейман I заключил мирный договор с габсбургами и через год после этого возобновил войну с кызылбашами. Османы вторглись в Армению и заняли ряд ее городов. Пользуясь сложившейся ситуацией, царь Баграт III, как было отмечено выше, вошел в Самцхе. В 1535 году в Мурджа­хетской битве Кваркваре попал в плен и княжеством Самцхе завладел имеретский царь. Отар Шаликашвили отвез малолетнего сына Кваркваре – Кайхосро к турецкому султану и попросил содействия в борьбе с Багратом III. Султан был занят войнами в Европе и проблемы атабага его не волновали. Тем не менее он приказал Арзрумскому беглар-бегу выступить против Баграта. Особых успехов они не достигли, но образовали турецкие административные единицы на территории Тао и Кларджети. Это была первая попытка внедрения турецкой административной системы в Грузии, что уже означало вхождение грузинских земель в состав Османской империи.

В 1545 году в битве при Сохоисте Баграт III и Луарсаб I потерпели поражение.

Атабаг Кайхосро занял Самцхе. Луарсаб пока еще сохранял за собой Джавахети. Кайхосро вошел в союз с шахом-Тамазом против Картли. Как видно, Кайхосро был недоволен тем, что Турция поставила свои гарнизоны в самцхийских крепостях, и изменил свою ориентацию. Атабаги лави­ровали между Турцией и Ираном, но такая политика не могла принести им успеха. Султан Сулейман вновь заключил мирный договор в Европе и стал готовиться к войне с Ираном. Кайхосро снова изменил свою ориентацию и послал посла к султану. Но султан уже не доверял атабагу, он ему был и не нужен. Сулейман собирался завоевать Самцхе. В 50-ых годах XVI века османы заняли Тао, Кларджети, Артаани. Между тем шах-Тамаз подверг разорению восточные районы Самцхе.

Согласно Амасийскому миру (1555), княжество Самцхе-Саатабаго было разделено между Ираном и Турцией. Западная часть княжества досталась Турции, а восточная – Ирану. Кайхосро стал атабагом в части, принадлежащей Ирану. После его смерти, в 1574 году атабагом стал его сын Кваркваре IV. Тяжелая ситуация в атабагстве еще больше осложнила внутренние противоречия между Джакели и Шаликашвили, продол­жавшиеся в течение двух лет. В этой борьбе самцхийские князья поддерживали Шали­кашвили. Перевес был то на одной, то на другой стороне, крепости переходили из рук в руки, многие из них были разрушены. В этой жестокой и беспощадной борьбе победи­телями вышли Джакели. В это же время был нарушен Амасийский мир.

В 1578 году Лала-Мустафа паша вторгся в Южную Грузию и несмотря на оказанное упорное сопротивление занял ряд крепостей. Ему не удалось взять лишь крепость Мгел­цихе, защитники которой во главе с братьями Гогоришвили в течение пяти суток сражались с османами. Лала-паша был вынужден оставить крепость.

После победы, одержанной в Чилдырской битве, паша принял у себя Манучара Джа­кели (брата Кваркваре), который явился к нему с 6000 воинов и изъявил свою покор­ность. Манучар наблюдал за ходом битвы с вершины горы, намереваясь встать на сторону победителя. Он надеялся, что османы пере­дадут ему атабагство. После взятия Ахалцихе, к османам заявился и Кваркваре. Турки раз­делили атабагство на несколько админи­стративных единиц, одна из которых досталась в управление Манучару.

В 1579 году на территории атабагства турки образовали Чилдырский (Ахалцих­ский) пашалык и назначили пашой омусуль­ма­­нив­шегося Манучара (Мустафу). В 1582 году Манучар вновь принял христианство и поднял в Самцхе восстание. Через год он женился на дочери царя Симона I – Елене. Этим еще больше упрочился союз картли­й­ского царя и атабага.

В 1587 году против Манучара двинулось большое войско османов. Атабаг попросил помощи у картлийского царя. Царь Симон I перешел в Самцхе, но ему вскоре пришлось вернуться, так как османы вторглись и в Картли. К османам явились князья Шаликаш­вили и другие противники Джакели. Османы взяли Ахалцих, после чего Манучар был вынужден покинуть Самцхе.

По ирано-турец­кому договору 1590 г. Самцхе-Саатабаго (как и весь Южный Кавказ) перешло к Турции. Южная Грузия надолго вошла в состав Турции. Ос­маны произвели перепись Самцхе-Саатабаго, пере­име­нованный в «Гурджистан­ский вила­йет». В 1595 году «Гурджистанский вилайет» был разделен на 8 административных единиц, в которые входило 1160 деревень. В Самцхе была введена турецкая система землевла­дения. Землей могли владеть только приняв­шие мусульманство и состоявшие на службе у султана грузинские феодалы, перед кото­рыми стоял выбор: либо мусульманство и сохранение владений, либо лишение владений. Началось преследование христиан, уничто­жение христианских церквей и монас­тырей и строительство мечетей. Местное население было обложено тяжелыми нало­гами. Крес­тьяне в массовом порядке покидали деревни. Полностью опустело около 300 деревень. На опустевшие территории турки стали пересе­лять чужеземцев. Этот древний исконно грузинский край оказался на грани пере­рож­дения.

Потеря Южной Грузии чрез­вычайно осложнила борьбу против осма­нов, но грузинский народ не мирился с гос­подством турок в Самцхе-Саатабаго. Нес­мотря на упорное сопротив­ление населения поло­жение в Самцхе оставалось крайне тя­желым.