После объявления христианства государ­ствен­ной религией в IV веке в жизни грузинского народа и грузинского государ­ства значительную роль стала играть грузинская православная церковь. Все важные события, происходившие в Грузии, находили отражение в жизни церкви, которая, в свою очередь, оказывала свое сильное влияние на ход этих событий.

Первым настоятелем картлийской церкви был картлийский епископ Иоанэ, присланный в Грузию из Константинополя. Иоанэ привез с собой священный гвоздь и часть священного креста и вместе с просветительницей Нино отправился в Мтиулети для проповеди христианства. Он же причастил святую Нино перед смертью в Бодбе. Во II половине V века в царствование Вахтанга Горгасала произошло важное событие в истории грузин­ской церкви – она стала авто­кефальной, т. е. неза­виси­мой. Предпосылкой это­го важне­йшего факта стал кон­фликт между царем Вах­тан­гом и архиепископом Ми­ка­элом, который ложно обви­нил царя в отступничестве от христи­анства. Царь опроверг это абсурдное обвинение и в свою очередь уличил архи­епископа в «среб­ролюбии».
Царь Вахтанг стал готовиться к восстанию против иранцев, но перед тем как начать восстание, он собирался навести порядок в стране и упрочить царскую власть. Сло­жившееся тяжелое положение в Картли (политическая экспансия Ирана, попытка распрос­транения огнепоклонства в Картли шахом Ирана, борьба дидазнауров против уси­ления царской власти) сказа­лось и на церкви. Поэтому царь Вахтанг провел реор­ганизацию церкви и сместил недостойных епископов со своих постов, назначив на их места своих сторонников. Это и послужило главной причиной конфликта между царем и архиепископом Микаэлом, которого возмутил поступок царя. К тому же Микаэл получил известие, что царь хочет назначить Петра католикосом. Царь самолично явился к Микаэлу, чтобы урегули­ровать конфликт, но архиепископ нанес ему физи­ческое оскорбление. Разгневанный Вах­танг отослал архиепископа в Визан­тию, сместив его с должности за недостойный духовному лицу поступок. В то же время он попросил разрешения у Византии поставить во главе картлийской церкви Петре. Византия не противилась этому и даже прислала в Картли вместе с Петре тринадцать новых епископов. Петре был возведен в сан католикоса, а новые епископы заняли места на основанных Вах­тангом новых епископских кафедрах. Учреж­дение католи­косата было признано фактом, подтвер­ждающим автокефалию грузинской церкви. Точная дата проведения церковной реформы Вахтангом Горгасалом не установлена. Период деятельности первого католикоса Петре условно можно датировать 60-70-ыми годами V века.

Первым грузином-католикосом был Саба I (20-30-ые годы VI века). В конце 30-ых годов VI века при католикосе Эвлале в Картли пришли тринадцать сирийских отцов. Цель у них была одна – утвердить и упрочить диофизитство в Грузии. Они заложили основу монастырской жизни.

В то время как в Картли и в Византии по­бедило диофизитство, армянская церковь приняла монофизитство. Между картлийской и армянской церквами обострились отноше­ния. Армянская церковь обвиняла грузинскую церковь в измене «истин­ной вере отцов». Картлийский католи­кос Кирион I очень осторожно, но убедительно отве­чал армянам. В этот тяжелый в полити­ческом отношении период Кирион I смог защитить от агре­ссии не только грузинскую цер­ковь, но и весь грузинский народ.

В 608 году армянский католи­кос Абраам издал «Всеобщую эпистолу» (письменное послание), положившую конец всем отноше­ниям между грузинской и армянской церквами.

Вскоре Иран добился больших преимуществ в войне с Византией и перешел к активному пресле­дованию диофизитства. Кирион и эрисмтавар Адарнасе вынуждены были покинуть Картли. Кирион продолжил свою деятельность в Фазисе в сане митрополита.

Следует отметить, что хотя после учреж­дения католикосата картлийская церковь стала автокефальной, еще в течение опреде­ленного времени избираемого картлийским церковным собором католикоса утверждал патриарх Антиохии. Первым католикосом, которому не потребовалось утверждения патриархом Антиохии, был Григол II, цер­ковный деятель 60-ых годах VIII века.

В 60-80-ых годах IX века во главе церкви стоял Арсен I Диди (из Сапары). Он был воспитанником учеников Григола Хандзтели. Григол Хандзтели сам поддержал Арсена I на должность католикоса. Арсену принадле­жит сочинение, написанное на тему грузинско-армянского церковного раскола.

IX-X века – это период борьбы за объединение Грузии.

Постепенно в этой борьбе первенство захватило Абхазское царство. Одним из факторов, препятствующих объединению Грузии было то, что Западная Грузия в церковном отношении подчинялась Констан­ти­нопольскому патриарху и поэтому испыты­вала влияние Византийской империи. В первой половине X века длительная борьба абхаз­ских царей принесла свои плоды. Перво­на­чально из подчинения Константино­поль­скому патриархату вышли западногрузинские епархии и объединились вокруг абхазского (западногрузинского) католикоса. На следу­ющем этапе объединенная западногрузинская церковь подчинилась Мцхетскому католикосу. Таким образом произошло церковное объеди­нение Грузии.

Первым патриархом объединенной грузин­ской церкви был Мелхиседек I. Он величался «Святейшим и блаженнейшим католикосом-патриархом всея Грузии». При его активном участии был построен Мцхет­ский храм Светицховели. Он часто бывал в Констан­тинополе, повидимому, с определенной дипломатической миссией.

В 60-ых годах XI века в Грузию по приглашению Баграта IV-го приехал Георгий Мтацминдели. Тяжелая политическая ситуация в стране не позволила Георгию Мтацминдели и Баграту IV довести церков­ную реформу до конца. Этим делом занялся Давид IV Агмашенебели. Серьезным шагом в этом направлении был созыв Руис-Ур­бнисского церковного собора в 1103 году, на котором помимо решения о смещении недостойных духовных лиц было принято еще около десяти важных решений. В этот период католикосом-патриархом был Иоанэ VI.

Большим влиянием и авторитетом пользо­вался католикос-патриарх Николоз Гулабе­рисдзе, ставший католикосом в 50-ых годах XII века. В 1178 году Николоз отправился в Иерусалим. Перед этой поездкой он побывал в Афонском Иверском монастыре и разрешил здесь многие проблемы. В Иерусалиме он многое сделал для усиления Крестового монастыря (вернул ей земли). В 1178 г. Георгий III освободил церковь от на­логов и присвоил ей статус неприкосно­венности. Николоз Гулаберисдзе вернулся из Иерусалима после того, как царица Тамар призвала его для участия в церковном соборе. На этом соборе были смещены некоторые недостойные епископы и определены новые церковные правила.